La Hermandad del Santísimo Sacramento, Ánimas Benditas del Purgatorio y Nuestra Señora del Subterráneo tiene su origen en el año 1631, en la iglesia de San Nicolás de Bari, año en el que le son aprobadas sus primeras Reglas, redactadas en 1629.  La devoción en la feligresía a la Virgen que más de cien años antes había aparecido en los cimientos de la iglesia fue determinante para adoptarla como titular de la Hermandad Sacramental.

Desde su fundación disfrutaba del uso de la capilla del sagrario en el antiguo edificio parroquial, cuya propiedad se le reconoce oficialmente en 1703, al plantearse la corporación la necesidad de nuevo retablo, arco y reja, inaugurados en 1712. Tras la reconstrucción del nuevo edificio de fábrica, finalizada en 1758, la Hermandad mantuvo todas sus propiedades y derechos.

Los fondos económicos para costear los cultos al Santísimo  Sacramento y las funciones a la Virgen tuvieron principalmente durante los siglos XVII y XVIII en las donaciones de tierras y fincas cuyas rentas administraba. El patrimonio artístico se vio notablemente incrementado por las donaciones del canónigo y hermano D. Carlos Villa.

Por un lado la dominación francesa y por otro la desamortización de los bienes eclesiásticos sumieron a la Hermandad a mediados del siglo XIX en un estado de decadencia, aunque la penuria económica no llegó nunca a suprimir el culto, pues la parroquia siempre estuvo presta a colaborar.

A partir de 1876 se produjo el primer intento formal de revitalizar la corporación, coincidiendo con la elección como Hermano Mayor de D. José María Ybarra y Gutiérrez de Cabiedes, destacado feligrés y personalidad de nuestra ciudad, que poco después sería nombrado I Conde de Ybarra.

La fundación en el templo de San Nicolás en el año 1921 de la Hermandad  de Nuestro Padre Jesús de la Salud y María Santísima de la Candelaria fue determinante para la supervivencia de la Hermandad Sacramental y por otro lado para  la puesta en marcha de la nueva corporación de penitencia, ya que muchos hermanos compartieron dualidad de pertenencia.

Con el paso de los años el hecho anterior cristalizó en la ejecución de un nuevo retablo para la capilla del Sagrario y el traslado de las imágenes del Señor de la Salud y María Santísima de la Candelaria a su nuevo altar, en el año 1948, siendo hermano mayor de ambas corporaciones Don Juan Fernández de la Cruz. La Candelaria disfrutó del uso de la Sala Capitular de la Sacramental, sita sobre la sacristía de la iglesia.

La progresiva desaparición de hermanos sumió a la Sacramental en un letargo generalizado que llegó a su final en 1977, cuando se fusionaron ambas hermandades que habían convivido en San Nicolás durante más de cincuenta años, redactándose nuevas Reglas y adoptando la de penitencia el carácter sacramental, con la consiguiente revitalización de los actos de culto al Santísimo Sacramento y la custodia y conservación de su importantísimo patrimonio artístico.